Z Twojej wypowiedzi wynika, że body zapełniło pierwszą kartę a drugą po włożeniu od pewnego momentu - to nie jest możliwe.
Jedynie wytłumaczenie to zgubienie sektora danych z karty. Jednakże jest to mało prawdopodobne, aby zdjęcia zniknęły w kolejności zapisu.
Jedyna możliwość sprawdzenia to programowo jak Koledzy radzą, ale szczerze wątpię w taki scenariusz.
Canon 6D i 5D2 + Canon 24-70L/4,0 + Canon 16-35L/4,0 + Canon 17-40L/4,0 + Canon 70-200L/4,0 + Canon 40/2,8 + szkła M42 i lampa EXII