Problemem jest prędkość transferu danych. Mam taki czytnik (CF<->IDE) i karta pracuje w tym cokolwiek wolno. Dysk jest szybszy. Ale tego do końca nie przetestowałem, więc to można potraktować jako przestrogę.
Do tego dochodzi problem zgodności kontrolerów. Np. karty kingstona (czerwone) nie pozwalały na dostęp w trybie DMA (kernel linuksowy nie chciał go włączyć). Natomiast Pretec 0.5GB po włączeniu DMA kaszanił transfer (potrafił zwiesić kompa). Tutaj najpewniej chodziło o konflikt z kontrolerem IDE (bardzo stara VIA MVP3) i na nowszych może to wogóle nie wystąpić, ale należałoby sprawdzić.
Natomiast jest jeszcze zupełnie inna kwestia - karta CF ma ograniczoną żywotność, dużo mniejszą niż twardy dysk. Po prostu możesz ją momentalnie "zajeździć". Jak się stawia np. router, to nie jest to problemem (system się praktycznie raz wczytuje, a potem to chodzi z pamięci). Ale jeśli masz na tym również pisać (co ze swapem?) to kiepsko.