Na Windowsie używam DPP z włączoną opcją „Display only CR2 images for CR2 and JPEG files of the same name” która łączy jpg+cr2 i pozwala usuwać razem.

Na Ubuntu jest doskonała przeglądarka Geeqie która potrafi łączyć pliki po nazwie i nie zwraca uwagi na rozszerzenie co pozwala trzymać kopie i wersje zdjęcia jako jedna miniaturka którą jednym klikiem można rozwinąć.