Mnie też się tak wydaje. Canony robią standardowo w takich sytuacjach drugi katalog. DSC100 i po przekręceniu licznika tworzy się DSC101 (o ile dobrze pamiętam). Sprawdź, czy masz dodatkowy katalog na karcie.
A jak zrzucasz materiał? W EOS Utility można w lewej części zaznaczyć, jeden katalog, drugi lub oba. Może zaznaczyłeś tylko jeden, więc drugiego nie zrzucił?