Nie jest to zbyt upierdliwe. Zasada działania generalnie jest taka, że masz jedno okienko LV z widocznym aktualnym "dokonaniem" Twojego AF i drugie z wykresem ostrości. Pod wykresem ostrości masz przyciski którymi sprawdzasz (klikając) czy da się ostrzej. Stosownie do tego, co zobaczysz na wykresie ostrości, dokonujesz (bądź nie) korekty AFMA. I tę korektę wprowadzasz przyciskami pod pierwszym okienkiem. W przypadku 5d3 program w tym momencie nakazuje Ci wprowadzić tę korektę również w aparacie i dopiero kliknąć "Ok". W przypadku Mk2 i innych z którymi działa tryb automatyczny prawdopodobnie wystarczy wprowadzić wartość korekty w programie, który już sam ustawia to w aparacie - tak to rozumiem.
To co ja zauważyłem, to wydaje mi się że wskazania programu dot. ostrości zmieniają się ..wraz z nagrzewaniem się matrycy w aparacie (AF ostrzy normalnie, ale potem wyświetla Ci efekt ostrzenia korzystając z LV). Nie wiem czy to ma sens, ale takie miałem wrażenie. Doszedłem do tego, że najbardziej wiarygodne wyniki uzyskiwałem kalibrując 1 obiektyw i przerwa. Myślę że w trybie w pełni automatycznym nie katuje się tak matrycy, bo wszystko się robi "samo i nie dłużej niż trzeba".