Foto_Kindow, obstawiam, że ten rozjazd 25 vs 30fps to sprawka używanego "konwertera". Nie znam programu, ale podejrzewam, że potrawi on "skonwertować" praktycznie każde video, tak?
Moim zdaniem program ten nie dekoduje (i enkoduje do JPEGa) tak naprawdę obrazów bezpośrednio ze strumieni elementarnych (czyli np. H.264), w którym na pewno masz poprawne 25fps, lecz wykorzystuje biblioteki systemowe, by dobrać się do zdekodowanych obrazów z display listy (czyli z tego, co trafia ostatecznie na monitor). Myk polega na tym, że tam już obrazy będą zsynchronizowane z częstotliwością odświeżania monitora (Vsync).
Synchronizacja w tym przypadku najpewniej polega na powtarzaniu co n-tego obrazu. Sprawdź czy w JPEGach przeglądanych jeden po drugim, nie masz co jakiś czas tych samych klatek (na zegarze może to być ciężkie do zaobserwowania, potrzeba czegoś z płynnym ruchem).