No jasne, tego problemu tutaj prawdopodobnie nie rozwiążemy. Nie wiem dokładnie jak sprawdzasz uzyskane odczyty, ale mogę powiedzieć jedno: profcheck nie służy do weryfikacji czy czujnik/oprogramowanie nie dokonały błędnej interpretacji jednej czy kilku odczytanych próbek za inne. Jest natomiast przeznaczony do sprawdzenia na ile odczyt jest zgodny z wygenerowanym profilem. Siłą rzeczy - nigdy nie będzie tu idealnie, chyba że zskanujemy hipotetyczny wzornik z milionami czy miliardami wszystkich barw reprodukowanych przez drukarkę. Taką weryfikację można co najwyżej spróbować przeprowadzić krzyżowo - czyli porównujesz dane TI3 uzyskane z CM z profilem wygenerowanym na podstawie próbek odczytanych przez i1 Pro i na odwrót. Może da to jakiś interesujący rezultat. Sugerowałbym również wyłączyć opcję odczytu dwukierunkowego w chartread dodając opcję -B do linii poleceń.
Proponuję Ci również zapoznanie się z narzędziem verify. Dzięki niemu możesz sprawdzić jakie błędy występują w kolejnych odczytach wzorników. Trzy, cztery skanowania weryfikowane wzajemnie ze sobą pozwalają zobaczyć czy któryś z odczytów nie odstaje np. o 32 dE od spodziewanego (prawdziwy przypadek z mojej praktyki, związany właśnie z niewłaściwą interpretacją odczytywanej próbki). Owszem - przy tworzeniu profilu z ponad 1000 próbek jeden taki odchył nie powinien istotnie zaburzać jakości całego profilu. Niemniej dobrze jest zadbać o jakość skanów, tak żeby nie mieć później wątpliwości z czym związany jest ewentualny problem.
Zabawne, że jak to czytałem, to do głowy również przyszła mi analogia do autofokusów w obiektywach i aparatach - ale z nieco innej perspektywy niż piszesz. Pomijając ewidentne i rzadkie przypadki, kiedy sprzęt faktycznie jest uszkodzony, to u większości użytkowników problemy nie wynikają z zawodności sprzętu, ale z niezrozumienia zasady działania i nieprzeczytania instrukcji obsługi. Piszę to jako osoba, która korzysta obecnie z obiektywów, z których najciemniejszy jest f/1,4. Chcę przez to powiedzieć, że podobnie jak w przypadku szkła, które trafia w innym miejscu niż oczekuje użytkownik (ale zgodnie z normami ustalonymi przez producenta tego sprzętu), podobnie może być z kalibratorami. Czasem problem może być w ustawieniach profilera, czasem w błędzie odczytu z próbek, może też się zdarzyć, że z jakiegoś powodu coś zawiodło w drukarce podczas drukowania wzorców i było to jednostkowe. Dlatego jestem raczej ostrożny mówiąc o tym, że powód problemów leży czy to w słabym AF, czy w nie dość doskonałym spektrofotometrze. Zgodzę się natomiast z tym, że i1 Pro jest sprawniejszym urządzeniem - choćby ze względu na właściwość, o której wspomniał czornyj - czyli możliwość komensacji dla papierów z wybielaczami.