justowanie eLki by nie pomogło, jeśli na przykład winna jest puszka.

Najpierw poleciłbym przetestowanie obiektywu na dwóch innych body.
Najlepiej jeszcze żeby jedno z nich było APS-C a drugie miało matrycę małoobrazkową (np 5D a jeszcze lepiej 5D II).

Na wyżyłowanej pod względem megapikseli matrycy APS-C widać wszystkie wady optyczne obiektywu w centrum kadru.

Jeśli obiektyw ma shifta tak jak tutaj to zasugerowano, powinno się to świetnie objawić na matrycy małoobrazkowej 5D lub 5DII. Warunek jest taki, że powierzchnia której będziesz robił zdjęcie, będzie równoległa do matrycy.
Czyli możesz na przykład z 5 piętra (koniecznie!!) zrobić zdjęcie sąsiedniego bloku.
Lub innego pionowego elementu, byle nie jednolitej białej ściany bo nic nie zobaczysz.
Powierzchnia musi być równa, położona równolegle do matrycy aby wszystkie odległości były identyczne.
Aparat na statywie.
Na Twoim miejscu porównałbym też na tej Twojej puszce 40D drugi taki sam obiektyw 70-200/2.8. Najlepiej dwa naraz w tych samych warunkach.

Tak BTW, na Żytnią przecież masz blisko, mieszkasz w Warszawie, czy nie da się tam pójść i porozmawiać o tym? Nie wiem jak to wygląda bo nie korzystałem z tego serwisu, pytam poważnie, bo i problem jest poważny.