Zapewne import masz w trybie "Add" (nie zmieniaj położenia pliku, dodaj jedynie jego koordynaty, metadane i miniaturę do katalogu - nie rób tego, to moim zdaniem wzmaga bałagan - pliki są na dysku zapisane w strukturze katalogowej nie przystającej do tego, jak widzi je LR przez swój "katalog").

Na górze musisz wybrać "Copy as DNG", "Copy" lub "Move". Jeżeli planujesz najpierw zrobić porządek w zdjęciach i chcesz to zrobić bez strachu, że coś stracisz - ustaw na "Copy". Po zrobieniu importu sprawdź jakąś przeglądarką obrazków, czy wszystko jest na miejscu i dopiero wtedy skasuj "źródło".