Po co tak kombinować? Masz 40Gb i niech tak zostanie. Nie dzieliłbym go na żadne partycje. Jak padnie Ci dysk (odpukać) to żaden podział nie pomoże...
Poza tym ze tego co pamiętam Apacer ma limit 40 plików max przy kopiowaniu jeśli używasz softu w apacerze np. przenosisz pliki między jednym folderem a drugim. Gdy robisz to z kompa to ok a wtedy 2 partycja nie jest Ci potrzebna, bo backup zrobisz w kompie.