Ja mam DPP w wersji 3.8.0.0 i jest tak samo - klikasz w folder/katalog i naciskając BATCH eksportujesz wszystko z tego katalogu/folderu. Moim zdaniem inaczej się nie da i też to robię w ten sposób.
Nie jest to przecież takie uciążliwe - klikasz katalog, potem BATCH i po piwo do lodówki. Potem następny itd.
No..., jeśli masz kilka tysięcy folderów, po kilka plików w każdym, to słabo to widzę... Musisz mieć dużą lodówkę