Co do tego że nie robi operacji bezpośrednio na plikach to ja nie do końca rozumiem dlaczego to jest niby wyjątkowość LR. Przecież żaden program nie ingeruje w pliki CR2. Ja osobiście mam włączoną opcję zapisywania plikow XMP dla poszczegolnych plików. Dzięki temu spokojnie moge to otworzyc np. w ACR jeszcze.
Z LR dopiero zaczynam przygodę więc troszke mnie te katalogi męczą i nie mam 100% pewności czy mój workflow jest optymalny. Póki co zrobiłem sobie tak, że każdy katalog z setem jest jakby osobnym katalogiem w LR zapisanym w katalogu ze setem. Dzięki temu mogę usunąć to łatwo itd. Poza tym mając zapis do plików XMP można bezpiecznie usuwać te katalogi. LR i tak zaimportuje pliki XMP, jedyna różnica taka że zniknie nam historia zmian, ale to akurat jest najmniej ważne.
PS. MaciekH dzieki za odpowiedź!