A właściwie to o co chodzi z tym pendrivem?
Że nie musisz instalować programu na komputerze z którego synchronizujesz?
No ale głównie to chyba chcesz i tak synchronizować z jednego konkretnego źródła, więc co za problem tam zainstalować program?
Jeśli dobrze zrozumiałem, to potem możesz z tych danych korzystać bez programu (skoro to kopia 1:1 na poziomie filesystemu).