Wszystko działa tak, jak opisałem. Obiekty inteligentne na poszczególnych warstwach są niezależne i można je wywoływać każdy w inny sposób.

Problemem jest prawdopodobnie sposób kopiowania. Po otworzeniu pliku raw jako obiektu inteligentnego w PS trzeba kliknąć tę warstwę prawym klawiszem myszy i wybrać "Nowy obiekt inteligentny z kopii" (New Smart Object via Copy). Przy zwykłym skopiowaniu warstwy (np. Ctrl+J) na wszystkich warstwach będą automatycznie zachodzić te same zmiany. Proszę sprawdzić. Pozdrawiam.