350D WB i AF

[APP]

A więc, zdjęcia były robione kilka sek po sobie, z takiej samej odległości (...)

A czy ostrość łapana była na taką samą odległość (ten sam element sceny) czy tylko pozycja fotografa była stała? Oba elementy mają przecież wpływ na GO.

Jeśli odpowiedź brzmi "nie", no to już masz na tacy, a jeśli "tak", to nikt z zebranych na podstawie zamieszczonego przykładu chyba nie odgadnie do czego masz zastrzeżenia :-? Daj przynajmniej dwa takie same wycinki 100% do obszaru gdzie wg Ciebie coś jest nie tak (a może jakieś inne dwa zdjęcia z dokładnie takim samym kadrem i do tego odpowiedni crop 100%?).

(...) słońce wpadało przez witraże znajdujące się w suficie (...)

Czyli mówimy o bezchmurnym niebie (?) i słońcu wpadającym wprost przez witraże. OK, ale nadal nie wiemy też jakie były nastawy WB w obu zdjęciach z przykładu ani o ew. wpływie witraży na oświetlenie (temp. barwową) w kościele.

Tutaj uwaga, żeby zwracać uwagę gdzie mowa jest o temparaturze barwowej światła (paradoksalnie, im większa, tym "chłodniejszy" efekt) z "temperaturą" kolorów w zdjęciu (potocznie -im "cieplej" tym więcej żółtego/czerwonego).

Ekstrapolując już, żeby nieco przyspieszyć (zakładam, że witraże nie były kolorwe) - aparat ustawił balans na kontrowanie temperatury barwowej zależnie od wybranego trybu WB, ale ponieważ miałeś do czynienia z nieco inną mieszanką światła, to sztywna korekta zaprogramowana dla wybranego trybu WB okazała się za duża dla sceny, przez co kolory wyszły za ciepłe w stosunku do "normalnej percepcji". Tu należaloby już przejść do zdjęcia dolnego, ale gdybym miał zgadywać, to górne zdjęcie przypomina mi efekt trybu "Shade" w częściowo nasłonecznionej scenie (aparat sztywno kontruje wysoką temperaturę barwową cienia = dodaje dużo żółtego/czerwonego... za dużo dla tej konkretnej sceny, bo trochę słońca zrobiło jednak swoje)

Przedstawione dolne zdjęcie, to IMO typowy dla 350D przykład Auto WB, dość chłodny, ale skóra i zbliżone odcienie mają tak charakterystycznie uwypukloną czerwień/purpurę (choć po części winię mojego laptopa... ).

O gustach się nie dyskutuje, ale jeśli faktycznie chcesz kombinować w trybie M żeby zdjęcie górne wyglądało jak na dolne (BTW "nieznany program naświetlania"), to IMHO szkoda nerwów.
Chcesz mieć "w punkt" - drogi masz dwie:
- ćwiczyć Custom WB (tu mogą pomóc odpowiednie "gadżety");
- przyzwyczaić się do RAW.
Jedno i drugie na początku będzie męczące, ale efekty pozostawią daleko w tyle nawet najlepsze "z automatu".

(...) Nawet kiedy ustawiam wszystko tak jak automat, zdjęcie bardzo się różni...

Na 100% coś jednak przegapiasz. W kwestii "jakości" jeśli mowa o JPG z puszki, może to być też kwestia np. ustawień "Parameters" (wyostrzanie, kontrast, nasycenie), "WB Shift", czy choćby "Picture Style".

Niemożliwość uzyskania na M chocby "zbliżonego" zdjęcia, jak na Auto, to jakieś czary