A próbowałeś odczytać zdjęcie bezpośrednio z karty CF?
Może czytnik szfankuje i przy imporcie złe rzeczy się dzieją - sprawdź pod tym kątem.

Miałem podobny problem, ale winę ponosiła sama karta CF.

Zaimportuj innym programem niż LR i zobacz czy uszkadzają się te same zdjęcia.

W LR dużo pracuję i jeszcze nie zdarzyło mi się by jakiś plik uszkodził.