Jak formatujesz karte w kompie to na FAT32 i odznacz "szybkie formatowanie" . Sprawdz styki w czytniku kart i w aparacie czy czasem nie brakuje jakiegos pinu. Ale skoro twierdzisz ze tak samo jest z kartami ktore nie byly w czytniku to pewnie wina lezy po stronie aparatu.

Co do firmwere aparatu to mozna to zrobic przez kabel za pomoca EOS Utility
http://web.canon.jp/imaging/eosdigit...irmware-e.html