A ja mam 40D i 580EX (bez II) od roku i zero problemów. Tak więc nie wiem czy masz słuszne podejrzenie. Skąd ta informacja że Canon "zmienił nieco stopkę" od 40D ?
Jedyna zmiana jaką kojarzę to sposób mocowania lamp (wajcha a nie pokrętło) w wersjach II, bez zmian po stronie body.