ja to przy takiej jednorazowej robocie to przede wszystkim podzieliłbym te 3000 plików na 3 lub 6 podkatalogów po odpowiednio 1000 czy 500 plików . aby ich ilość mnie nie załamała.
I w każdym podkatalogu po prostu bym patrzył na listę i ręcznie klikał zdjecie lewym z ctrl a potem przekopiował wybrane gdzieś indziej.

W przypadku gdyby to nie była jednorazowa robota to bym machnął skrypt który wczytuje tego txt i już sam odwala brudną robotę.