40D ma lepszy AF, całkiem poprawne all serwo, nawet przy 100-400L plus TC 1.4 Kenko z zaklejonymi stykami. Przewaga 5D jest przy centralnym punkcie all serwo, bo uruchamia się wtedy 6 dodatkowych punktów AF-u dookoła centralnego (brakuje mi tego w 40D). Wada tych systemów jest taka, że przy gorszym/słabym oświetleniu szybkość/celność AF-u zbyt dużo traci w porównaniu do Nikonów (nawet do D200).
Generalnie lepszy AF ma 40D.