Heja! Najprawdopodobniej Nikon Capture odczytuje ustawienia twojej puszki, (tak jak robi to EOS Utility), czyli jeżeli podkręciłeś w aparacie kontrast, saturacje kolorów, wyostrzanie i takie tam (z tego co wiem Nikon ma dużo do poustawiania) i nakłada te zmiany na preview twojego RAW'a, a po konwersji według tego algorytmu tworzy np jpg...
Camera Raw "czyta" RAW i bez tych "zmian" - czysty zrzut z matrycy .
Spróbuj zdjąć w puszcze wszystko na zero (neutral). lub wyłączyć opcję odczytywania tych danych w Nikon Capture (jeżeli się da)
i po wywołaniu w obu konwerterach zdjęcie powinno wyglądać identycznie ... mogą być minimalne różnice ,ale nie drastyczne,
Długo przekonywałem się do Cr... ale po miesiącach pracy i przetestowaniu innych konwerterów, dla mnie osobiście CameraRaw4.2 to rewelacja !!!