Wziąłbym zestaw numer 2.
Nie myślałbym o 5D i FF, bo jak planujesz 100-400, to pewnie i sport, samoloty, przyrodę. A w takim wypadku przydałoby się szybsze body.
Ja po zakupie 40D zmieniłbym 70-200f4 na 100-400 a tamrona 28-75 na EFS17-55IS. Pomiędzy mam jeszcze EFS 60 macro.