FastStone pokazuje w RAW embedded JPG, a w starszych puszkach, czyli w 30D pewnie też, to raczej nie był full-size JPG - stąd pewnie różnica.

Natomiast pytanie czy jak takiego CR2 w FS otworzysz do edycji i zapiszesz, to czy już będzie miał właściwą dla RAW rozdzielczość?