Skoro sprawdziłeś konfiguracje: 6d+Y oraz 60d i 600d+Y, to spróbowałbym jeszcze i upewnił się jak jest w przypadku 6d+Speedlite Canona - czy działa wspomaganie AF. Wówczas będziesz miał informację, czy jest to wina tylko 6d (nie działa z Y i nie działa z C), czy też może jakiś ''konflikt sprzętowy'' z Y - jeżeli wspomaganie af będzie działało ze Speedlite'm.