Prawie dokładnie tak miałem, z 50D na 5D2.
Jeżeli masz możliwość wyboru, to raczej 6D, właśnie dla tego wysokiego ISO.
Z 50D - 800 ISO to był szum jak licho. Przy 3200 w 5D2 jest także taki szum, ale jakoś łatwiej go korygować.
Poza tym, 6D jest nowszą konstrukcją. Sam się za takim rozgladam, ale chyba zostanę przy 5D2 z innych przyczyn.